Proces tranzicije vlasti u FBiH po pravilu uključuje i pozicije u vladinim službama, agencijama, zavodima, javnim ustanovama i preduzećima.
Nova politika
Iako ne postoji jedinstven registar svih pravnih subjekata u nadležnosti entiteta, jasno je da se radi o desetinama direktorskih i pozicija u nadzornim odborima, koja bi, u skladu s najavama da će aktuelni funkcioneri dijeliti sudbinu prethodne, a novi provoditi politiku nove Vlade FBiH, trebala biti popunjena novim kadrovima.
A radi se o Službi za zajedničke poslove organa i tijela FBiH, Uredu Vlade FBiH za odnose s javnošću, Agenciji za državnu službu FBiH, Agenciji za privatizaciju FBiH, Agenciji za upravljanje oduzetom imovinom, Agromediteranskom, Hidrometeorološkom te zavodima za geologiju, poljoprivredu i agropedologiju, upravama za inspekcijske poslove, civilnu zaštitu, statistiku, geodetske i imovinskopravne poslove, Direkciji robnih rezervi, Federalnom zavodu za programiranje razvoja, Arhivu FBiH, Gender centru FBiH, Uredu Vlade FBiH za evropske integracije, Uredu za zakonodavstvo i usklađenost s propisima EU te Uredu za saradnju i zastupanje pred Ustavnim sudom BiH.
Vlada FBiH je vlasnik kapitala u javnim preduzećima: ''BH Pošta'' Sarajevo, ''Hrvatska pošta'' Mostar, ''Elektroprivreda BiH'' Sarajevo, ''Elektroprivreda HZHB'' Mostar, ''Energoinvest'', “BH-Gas”, “Terminali Federacije”, “BH Telecom”, “HT Mostar”, “Lutrija BiH”, “Autoceste FBiH”, “Ceste Federacije BiH”, “Željeznice FBiH”, Aerodrom Sarajevo, UNIS-GROUP, “Bosanskohercegovačke šume”, Registar vrijednosnih papira, “Union banka”.
Brojne firme
Udio većinski ima i u preduzećima “Igman” Konjic, “Unis Ginex” Goražde, “Binas” Bugojno, “Pretis” Vogošća, “Zrak” Sarajevo, Tehnički remontni zavod Hadžići, Filmski centar Sarajevo, a svoje predstavnike treba imati i u “Elektroprijenosu BiH” te Bosanskohercegovačkoj željezničkoj javnoj korporaciji.
Novi premijer FBiH Nermin Nikšić zatražio je njihove ostavke, ali ih za sada ne namjeravaju podnijeti. Uskoro će ići njihova smjena.
Ustanove u nadležnosti FBiH
Kada je o ustanovama u nadležnosti FBiH riječ, u pitanju su i Univerzitetski klinički centar Sarajevo, Centar za edukaciju sudija i tužilaca u FBiH, RTV FBiH, Federalna novinska agencija, Zavod za zbrinjavanje mentalno invalidnih lica ''Drin'', Zavod za zbrinjavanje mentalno invalidne djece ''Pazarić'', Zavod za specijalno obrazovanje i odgoj djece ''Mjedenica'', Centar za slijepu i slabovidnu djecu i omladinu Sarajevo, Zavod za vaspitanje muške djece i omladine Sarajevo i Fond za zaštitu okoliša.