Mustafa Fadilpašić rođen je u Sarajevu s prezimenom Šerifović 1830. godine, u jednoj od najuglednijih i najbogatijih porodica u gradu, ali i u cijeloj Bosni i Hercegovini. Mustafa je bio sin Fadil-paše Šerifovića, bogatog posjednika, pjesnika, kaligrafa i političkog vođe. Za vrijeme Osmanlija, stariji Šerifović je bio sarajevski paša. Fadilpašić je imao brata Mahmuda, a njihov šurjak bio je travnički disident Šerif-beg Hafizadić.
Školovanje u Carigradu
Vjeruje se da vode porijeklo od Šerifa Ahmeda, koji se doselio u Sarajevo oko 1750. godine iz ejaleta Kefe, a navodno je tvrdio za sebe da je i on sam potomak poslanika Muhammeda, a.s.
Fadilpašić je odrastao i školovao se u osmanskoj prijestonici Carigradu. Živio je i u Egiptu prije povratka u Sarajevo 1860. godine. Po povratku u Sarajevo oženio se Nuri Gradaščević, ženom koja je bila poznata kao najveća pojedinačna zemljoposjednica u Bosni i Hercegovini i nećakinja vojskovođe Huseina Gradaščevića.
Njegov otac umro je u dobi od 80 godina 26. novembra 1882. u Istanbulu, nakon što je tamo emigrirao kada je habsburški režim preuzeo Bosnu i Hercegovinu 1878., ne želeći živjeti pod kršćanskom vladavinom. Fadilpašićevi djed i nana po ocu bili su Mustafa Nurudin, koji je ubijen u januaru 1827. godine, neposredno prije bosanskog ustanka, i Ćamila Fazlagić (umrla 1848.).
Tokom ljeta 1878. austrougarska vojska, predvođena Josipom Filipovićem, započela je invaziju na Bosnu i Hercegovinu. Iako su naišli na otpor osmanske bosanske vojske, predvođene njihovim komandantom Smailom Haki-begom Selmanovićem, Austrougari su vrlo brzo zauzeli čitavu regiju koja je bila dijelom sve slabijeg Osmanskog carstva.
Odmah po dolasku austrougarske vlasti, Fadilpašić je imenovan prvim gradonačelnikom Sarajeva, mjesto koje je prvobitno bilo smješteno u zgradi na lijevoj obali Miljacke, a kasnije na Bistriku, jednom od najstarijih naselja u gradu.
Za vrijeme njegove vladavine Sarajevo je doživjelo primjetne pozitivne promjene, a Sarajlije su posebno voljele svog prvog gradonačelnika. Kao gradonačelnik donio je prvi regulacioni plan Sarajeva, kojim su osigurane zaštita i revitalizacija povijesne čaršije - Baščaršije. Godine 1880. implementirao je prve vagonete u Sarajevu. Pet godina kasnije pustio je tramvaje na konjsku vuču.