S uspostavom austrougarske vlasti kreće i ubrzana europeizacija stanovništva u Bosni i Hercegovini. Tako se krajem osamdesetih i početkom devedesetih godina 19. stoljeća javljaju prvi organizirani pokreti prozapadnog kulturnog preporoda među Bošnjacima.
Začetnik ovog kulturnog pokreta bio je Mehmed-beg Kapetanović Ljubušak, koji je u cilju toga 1891. pokrenuo list „Bošnjak“. Ovaj list za cilj je imao promociju bošnjačkog imena kao nacionalne odrednice za stanovništvo u BiH temeljeno na modernim evropskim tekovinama.
Približavanje Zapadu
Taj muslimanski kulturni preporod polazio je od potrebe da se u narodu razbudi i učvrsti svijest o njegovom slavenskom porijeklu i potrebi približavanja Zapadu.
Ta ideja i prihvatanje evropskih kulturnih tekovina bila je posebno popularna među muslimanskom inteligencijom. Ta struja muslimanske inteligencija bila je uglavnom lojalna prema austrougarskoj vlasti kao nosiocu nove evropske civilizacije koju Bošnjaci i sami treba da prihvate.
Ipak, nasuprot tome, devedesetih se godina 19. stoljeća javila druga, tradicionalistička struja muslimanske politike, koja je zauzela negativan stav prema austrougarskim vlastima i modernizatorskom projektu koji je vodila.
Ovu struju predvodila je ulema, zajedno s bogatim begovskim zemljoposjednicima.
Predstavnici ove struje protivili su se modernizaciji i prihvatanju evropskih tekovina, smatrajući da muslimani trebaju ostati lojalni svojoj islamskoj tradiciji i vezama s Osmanskim carstvom. Stoga su od austrougarskih vlasti zahtijevali da Bošnjacima osiguraju autonomiju u vakufskim, prosvjetnim i drugim vjerskim poslovima, da zaštiti agrarne interese muslimanskih zemljoposjednika i spriječi navodna nastojanja katoličke crkve da Bošnjake preobrati u kršćanstvo. Jedna grupa Bošnjaka uputila je još 1886. predstavku caru kojom su tražili vakufsku samoupravu. Od 1895. javio se pokret zemljoposjednika. Mnogim pojedinačnim i kolektivnim žalbama okupacijskoj upravi i sultanu koji je i dalje formalno bio suveren nad BiH oni su nastojali dokazati da su materijalno oštećeni i da time trpi islamska zajednica u cijelosti.
Ova pobuna konzervativnih slojeva stanovništva vremenom će se izroditi u pravi društveni pokret. Organizirana borba Bošnjaka za vakufsko-mearifsku i vjersku autonomiju počela je protestnom skupštinom mostarskih građana 5. maja 1899. Povod ovom događaju bila je navodna otmica Fate Omanović od časnih sestara. Kasnije će se ispostaviti da nije bila riječ ni o kakvoj otmici, nego je Fata na svoju ruku pobjegla od kuće i privremeno se sakrila u katoličkom samostanu jer nije htjela stupiti u dogovoreni brak. Ipak, ovaj događaj je za muslimanske konzervativce bio „kap koja je prelila čašu“ i dokaz da austrougarske vlasti pokušavaju silom prevoditi muslimansku djecu u katoličanstvo.
Na toj skupštini je izabran odbor od 12 članova, s muftijom Alijem Fehmijem Džabićem na čelu, koji je organima vlasti prenio zabrinutost Bošnjaka usljed sve češćih prozelitističkih nasrtaja na njih. Protestnoj akciji mostarskih građana uskoro su se pridružili Bošnjaci iz čitave Hercegovine, pa je spomenuti odbor postavio vlastima zahtjev da se na tom području uspostavi vakufska autonomija, izražavajući nepovjerenje prema vakufskim i vjerskim organima koje je imenovala austrougarska uprava. Vlada je odbila taj zahtjev i istovremeno u aprilu 1900. uklonila s položaja muftiju Džabića.
Centar pobune
To je dovelo do prave erupcije nezadovoljstva među Bošnjacima u čitavoj Bosni, u kojoj je Travnik, zajedno s Mostarom u Hercegovini, postao centar pobune konzervativaca.
Proširivanjem bošnjačkog pokreta za vjersko-prosvjetnu autonomiju na cijelu BiH došlo je do njegovog povezivanja i političke saradnje s odgovarajućim pokretom srpskog građanstva, koji je također vodio sličnu borbu za crkveno-školsku autonomiju još od 1896.
Pokret za autonomiju oživio je nakon tri godine, krajem 1905. odnosno 1906. godine. Vakufsko povjerenstvo, imenovano od vlade, donijelo je u martu 1905. odluku da se za izdržavanje islamskih školskih zavoda raspiše 5 posto prireza na neposredni porez. U narodu je ova odluka naišla na odbijanje, uz zahtjev da se prije uvođenja prireza riješi pitanje vakufske autonomije. U takvoj situaciji odmah se aktivirala begovska grupa u autonomističkom pokretu, koja je uspjela preuzeti od Džabića punomoć za daljnje vođenje pokreta. Na taj način pokret su umjesto uleme počeli voditi begovi.
Vlada je izjavila da će pregovarati s Bošnjacima čim se oni slože oko svojih zahtjeva i odrede svoje predstavnike. To će biti uvod i u formiranje prve stranke u historiji BiH. Oba zahtjeva austrougarskih vlasti muslimanski je autonomistički pokret odmah ispunio osnivanjem svoje stranačke organizacije i isticanjem njenog programa. Na sastanku u Slavonskom Brodu 3. decembra 1906. osnovana je Muslimanska narodna organizacija (MNO), usvojen njen program i izabran Egzekutivni odbor s Ali-begom Firdusom kao predsjednikom.
Osim vakufa i vjerske organizacije, u programu su značajno mjesto dobili agrarni zahtjevi zemljoposjednika, te neka državnopravna i politička pitanja. U programu se tako tražila autonomija za BiH kao jedan od osnovnih ciljeva, pod suverenitetom sultana, uvođenje građanskih i političkih sloboda, općinskih samouprava i narodnog predstavništva. Što se tiče agrarnih zahtjeva, na prvom mjestu se tražilo od vlade da se izvršava i poštuje Saferska naredba iz 1859., što je stvarno značilo da se odnosi između zemljoposjednika i kmeta tretiraju kao zakupnički, tj. privatnopravni odnosi. Egzekutivni odbor MNO dobio je u narodu podršku, jer su na početku 1907. u svim gradovima BiH izabrani „miletski odbori“.
Tokom juna i jula 1907. vođeni su pregovori o nacrtu statuta za vakufsku i vjersku autonomiju. Postignut je sporazum u svim spornim pitanjima, osim u pitanju menšure (duhovne investiture) reisu-l-uleme, jer vlada nije pristala na zahtjev da menšuru izdaje sultan, čime bi se neizravno i u praksi, a ne samo formalno, priznao njegov suverenitet nad BiH. U prvoj polovini 1908. vođeni su ponovo pregovori između vlade i Egzekutivnog odbora o raznim privrednim i političkim pitanjima, ali bez ikakvog rezultata. Nakon proglašenja aneksije u oktobru 1908. vlada je pristala da menšuru izdaje istanbulski šejhul-islam, jer je u novoj situaciji to pitanje izgubilo svoj državnopravni značaj. Statut za autonomnu upravu islamskih vjerskih i vakufsko-mearifskih poslova u BiH konačno je sankcioniran 15. aprila 1909., čime je završena autonomistička borba vođena punih deset godina.
Pokret za prosvjetno-vjersku autonomiju nametnuo je konzervativne vjerske i begovske krugove koji su s velikim otklonom tretirali modernizatorski projekt autrougarskog poretka kao novu elitu među muslimana, što je dovelo do prilične marginalizacije intelektualnih krugova koji su zagovarali ubrzanu europeizaciju Bošnjaka.
Podrška Srba
Vodstvo srpskog autonomističkog pokreta pružilo je političku podršku bošnjačkim zahtjevima. Vlada je u takvoj situaciji pristala na pregovore o vakufskim i vjerskim pitanjima s vođama bošnjačkog pokreta za autonomiju. Pregovori su vođeni od 2. februara do 23. aprila 1901. godine, ali do sporazuma nije došlo. Krajem januara 1902.
Džabić je, s pet saradnika, otputovao u Istanbul da kod najviših islamskih foruma traži savjet i upute u pogledu borbe za vjersko-prosvjetne autonomije. Austrougarske vlasti su to iskoristile da zabrane Džabiću povratak u zemlju, pa je pokret za autonomiju, ostavši bez vodstva, privremeno zamro.
