Prehrambene navike i odabir hrane mogu igrati značajnu ulogu u pojavi, terapiji i prevenciji brojnih gastrointestinalnih smetnji. U velikom broju slučajeva pravilna prehrana pomaže uspostavljanju bolje probave, a time i kvaliteta života jer smanjuje bol i nelagodu.

Preporučljivo je koristiti maslinovo ulje kao izvor masnoće te konzumiranje fermentiranih mliječnih proizvoda (jogurt, acidofil, kefir). Od pomoći može biti i aloe vera te pčelinji proizvodi i ljekovito bilje.

Studijama je utvrđena povezanost unosa linolne kiseline i sposobnost cijeljenja mukozne sluznice želuca i dvanaestopalačnog crijeva te smanjene učestalosti pojave čira. Budući da su najbolji prehrambeni izvor linolne kiseline povrće, sjemenke i ulja od sjemenki, a posebno laneno sjeme, korisno je uvrstiti ove namirnice u prehranu.

Omega-3 masne kiseline također su pokazale zaštitno djelovanje, stoga u prehrani ovih bolesnika treba biti obilno zastupljena riba. Probiotički proizvodi korisni su jer smanjuju štetne popratne pojave lijekova koji se koriste za eradikaciju H. pylori.

Prekomjerna konzumacija šećera predstavlja faktor rizika za pojavu ulkusne bolesti. Povećan unos soli također je povezan s povećanim rizikom peptičkog ulkusa. Napici koji sadrže kofein (kafa, čaj, kola) mogu potaknuti lučenje želučane kiseline, no u umjerenim se količinama mogu konzumirati.

Treba izbjegavati: prženu i masnu hranu, čokoladu, pepermint, bijeli luk, luk i pušenje, citruse, proizvode od paradajza, crvenu papriku, čili i biber.