Znajući koliki utjecaj na narod u Bosni i Hercegovini imaju vjerske institucije, austrougarske su vlasti već nakon prvih godina svoje vladavine nastojale pod svoju kontrolu staviti sve vjerske i crkvene zajednice u BiH i to su većim dijelom i uspjeli.

Katolička crkva

Tako je već 1881. godine Austro-Ugarska potpisala Konkordat s Vatikanom o uvođenju svjetovne katoličke hijerarhije u Bosni i Hercegovini. Njime su franjevci, koje austrijske vlasti nisu držale pouzdanim političkim elementom, izgubili pozicije u Bosni i Hercegovini koje su stoljećima držali kao čuvari katoličanstva te su se morali podvrgnuti novoj hijerarhiji.

Nova je austrougarska vlast koristila sva sredstva kako bi učvrstila svoju vladavinu u Bosni i Hercegovini, pa je tako računala i na značajan utjecaj katoličkog svećenstva među katoličkim pučanstvom. Stoga je 2. februara 1882. godine iz Carske kancelarije u Beču upućeno pismo zahvale biskupu fra Paškalu Buconjiću u kojem se ističe da održavanje katoličkog stanovništva u Hercegovini i obećava dalja carska naklonost prema tom stanovništvu.

U Bosni i Hercegovini je 1881. godine uspostavljena redovna crkvena organizacija kao u ostalim evropskim zemljama. Za nadbiskupa vrhbosanskog postavljen je Josip Stadler.

Ukinuta su oba apostolska vikarijata: bosanski i hercegovački, kao i misijski oblici djelovanja, umjesto kojih su uspostavljene tri biskupije: Vrhbosanska nadbiskupija sa sjedištem u Sarajevu te Banjalučka i Mostarska biskupija. Stadlerovim dolaskom za nadbiskupa pokrenute su novine "Vrhbosna" i "Hrvatski dnevnik". Nadbiskup je podupirao rad brojnih dobrotvornih institucija, među kojima i sirotišta, te izgradio biskupijski dvor i katedralu u Sarajevu.

Islamska zajednica

Sve do dolaska Austro-Ugarske u Bosnu i Hercegovinu 1878. godine nije se postavljalo pitanje pravnog položaja ili organiziranja posebne ustanove koja bi se brinula o vjerskim pitanjima muslimana. Do tada se Bosna i Hercegovina nalazila u okviru Osmanskog carstva, u kojem se organizacijsko jedinstvo muslimana ogledalo u privrženosti islamskim propisima, a to jedinstvo muslimana simbolizirano je kroz instituciju halife kao duhovnog štaba muslimana. Vjerske poslove u ime halife obavljali su dekretirane muftije, šerijatski suci, muderisi i imami.

U osmanskom razdoblju vjerski stalež smatran je dijelom državne administracije kojem su bili povjereni različiti poslovi u upravi, lokalnoj administraciji i vjerskim poslovima. Pravosudne poslove i suđenje obavljali su šerijatske sudije koji su bile dio vladajućeg aparata i plaćala ih je država. Također, imamsko-hatibski poslovi, naročito džuma-namazi, zatim obrazovni sistem, kao što su vjerske škole (medrese), bili su dio brige državne uprave.

Dolaskom Austro-Ugarske u Bosnu i Hercegovinu stoljećima ustaljeni oblici organiziranja vjerskih poslova se raspadaju, a islam više nije državna religija koju država pomaže, kao što je to bio slučaj u vrijeme osmanske uprave. Također, ulema i vjerski kadar gubi ulogu i značaj koji je nekada imao u državi i suočava se s novim do tada nepoznatim pitanjima i problemima. Austro-Ugarska sistemski nastoji potpuno odvojiti muslimane u Bosni i Hercegovini od Istanbula kao njihove duhovne matice.

U početnom razdoblju šejhu-l-islam u Istanbulu, kao vrhovni vjerski autoritet u Osmanskom carstvu, odbijao je dati svoju saglasnost za uspostavu samostalne Islamske zajednice u Bosni i Hercegovini koja će na sebe preuzeti svu odgovornost za organizaciju vjerskog života, osnivanje potrebnih organa i ustanova, postavljanje i izbor čelnih ljudi, vjerskih službenika i svih ostalih poslova.

Međutim, 1882. godine šejhu-l-islam imenovao je muftiju sarajevskog Mustafu Hilmi ef. Hadžiomerovića za bosanskog muftiju i ujedno ga je ovlastio da može imenovati niže vjerske službenike i šerijatske sudije. Zbog ovoga Austro-Ugarska je carskim dekretom od 17. oktobra 1882. godine postavila Mustafu Hilmi ef. Hadžiomerovića za bosanskog muftiju i proglasila ga prvim reisu-l-ulemom u Bosni i Hercegovini. Stoga se ova godina uzima kao godina utemeljenja samostalne Islamske zajednice u Bosni i Hercegovini. Istovremeno su imenovana i četverica članova Ulema-medžlisa (današnji Rijaset), kao vrhovnog tijela za vjerska pitanja, a također je utemeljena Zemaljska vakufska komisija koja je bila zadužena za vakufske i mearifske poslove muslimana u Bosni i Hercegovini.

Izdavanjem menšure reisu-l-ulemi Hilmi ef. Hadžiomeroviću s ovlastima vrhovnog bosanskog muftije smatra se prenošenjem stvarnog legitimiteta i ovlasti o pitanjima cjelokupne organizacije vjerskih pitanja i poslova na bosanskog reisu-l-ulemu koje je proveo šejhu-l-islam u Istanbulu kao vrhovni vjerski autoritet kojim je nastavljen duhovni kontinuitet uređivanja vjerskih poslova reisu-l-uleme i izabranih predstavnika u Bosni i Hercegovini.

Menšura je ovlaštenje reisu-l-ulemi za vršenje vjerskih poslova i pravo da daje ovlaštenja drugim osobama. Do 1930. menšure su izdavane u Istanbulu, a od 1930. godine menšure, na temelju Ustava Islamske zajednice, izdaju se u Bosni i Hercegovini.

SPC

Nakon niza diplomatskih aktivnosti 28. marta 1880. sklopljena je Konvencija s Carigradskom patrijaršijom o reguliranju odnosa Pravoslavne crkve u Sarajevu.

U sastav Carigradske patrijaršije, osim Dabrobosanske eparhije, ušle su i Zvornička, Zahumsko-hercegovačka, a kasnije i Banjalučko-bihaćka eparhija.

Pravoslavna crkva u Bosni i Hercegovini je dobila i svoju nacionalnu jerarhiju (grčke mitropolite zamijenili su velikodostojnici Srbi), a grčki mitropolit Antim je odstupio. Na njegovo mjesto dolazi Sava Kosanović, koji je dužnost mitropolita dabrobosanskog obavljao u periodu od 1881. do 1885. godine.

Pravo postavljanja episkopa pripalo je austrougarskom caru uz formalnu saglasnost carigradskog patrijarha kojem je od vlade zajamčeno 58.000 groša godišnje na ime dotadašnjeg crkvenog prihoda u Bosni i Hercegovini.

Mitropoliti su otad plaću dobivali od Zemaljske vlade, čime su izgubili pravo ubiranja crkvenih poreza koje je prešlo na državu. Preko zavisnih mitropolita bilo je moguće utjecati na niže sveštenstvo i narod. Time je Srpska pravoslavna crkva u Bosni i Hercegovini ušla u sferu utjecaja Austro-Ugarske.

Kako je Konvencijom patrijarha plaćala Zemaljska vlada u Sarajevu, a ne više mitropoliti, ona je nastupala i kao predstavnik i zastupnik Pravoslavne crkve Bosne i Hercegovine kod Vaseljenske patrijaršije.

Već 1882. godine osnovana je Bogoslovija sa seminarom za sve bosanskohercegovačke eparhije, koja je do Prvog svjetskog rata radila u Reljevu, a između dva svjetska rata u Sarajevu. Izgradnja zgrade gdje je smještena Bogoslovija u Reljevu izvršena je u periodu između 1883. i 1884. godine, na zemljištu koje je darovao mitropolit Sava Kosanović, a kao projektanti se pojavljuju arhitekti Johan Kelner i Josip Černi.

Mitropolitski konzistorij osnovala je Zemaljska vlada 13. avgusta 1883. kao organ za crkvena pitanja i uz mitropolita najviša vlast. Njegove članove – provjerene i njoj odane sveštenike – postavljala je i plaćala vlada, kojoj su jedino i bili odgovorni.

Otpor muslimana

Muslimanima u Bosni i Hercegovini posebno je smetalo miješanje Austro-Ugarske u njihove vjerske poslove, zbog čega je došlo do utemeljenja Pokreta za vjersku i prosvjetnu autonomiju muslimana u Bosni i Hercegovini, s muftijom mostarskim Fehmi ef. Džabićem na čelu. Ovaj pokret je tražio autonomiju i samostalnost bosanskih muslimana u organiziranju svojih vjerskih poslova i u upravljanju vakufskim dobrima i islamskim obrazovanju. Pokret koji je nastao u maju 1899. godine predstavljao je prvi organizirani pokret muslimana i borbu za njihova kulturna i politička prava i vjersku i vakufsko-mearifsku autonomiju koji je, nakon desetogodišnje borbe, okončan 15. aprila 1909. donošenjem Statuta za autonomnu upravu islamskih vjerskih i vakufsko-mearifskih poslova u Bosni i Hercegovini. Austro-Ugarskim izdavanjem ovog statuta prihvaćena je većina zahtjeva muslimana i konačno priznata autonomija uređivanja i organizacije islamskih pitanja i vakufsko-mearifskih poslova u Bosni i Hercegovini.

Po autonomnom statutu, sredinom 1910. inauguriran je treći po redu, a prvi birani reisu-l-ulema hfz. Sulejman ef. Šarac. No, njega je Zemaljska vlada već 1912. godine prisilila na ostavku, pa je jednoglasnom odlukom Hodžinske kurije za novog reisu-l-ulemu izabran Mehmed Džemaluddin ef. Čaušević, čiji je izbor carskim dekretom potvrđen 27. oktobra 1913. godine. On je bio i posljednji reis koji je izabran na temelju autonomnog statuta i prvi reisu-l-ulema u Kraljevini Jugoslaviji.