Karakterističan okus muškatnog oraščića daje posebnu notu jelima, ali je ovaj začin i veoma ljekovit. Mljeveni plod olakšava varenje, ublažava gorušicu, otklanja plinove, snižava nivo holesterola i masti u krvi, liječi dijareju i gastroenteritis.  

Zbog antiupalnog djelovanja, fitolijekovi s muškatnim oraščićem preporučuju se kao dopunsko sredstvo za liječenje bolesti unutrašnjih organa. Ovaj blagotvorni začin opušta mišiće, relaksira tijelo i ima umirujuće djelovanje.

Preparati s muškatnim oraščićem pomažu u liječenju ekcema, a tople obloge smanjuju tegobe izazvane reumatizmom. Muškatni oraščić poznat je i kao snažan afrodizijak, zbog čega se eliksiri na bazi ovog začina prepisuju muškarcima s oslabljenom seksualnom funkcijom.