Uzroci glavobolja nisu uvijek poznati. Kod nekih osoba razlog je genetska predispozicija. Osim toga, postoje brojni vanjski i unutrašnji faktori koji mogu da budu okidač za pojavu bola u glavi, ali ostaje nejasno zašto pojedini reaguju na te okidače, a drugi ne.

U vanjske uzroke glavobolja ubrajaju se vremenske prilike, reakacije na gužvu i kontakte sa drugim ljudima, kao i upotreba određenih vrsta hrane i pića.

Unutrašnji uzroci podrazumijevaju različita oboljenja endokrinog i kardiovaskularnog sistema, psihijatrijska oboljenja kao i sistemske infekcije i febrilna stanja koja mogu povećati učestalost primarnih glavobolja.

Toplota je jedan od razloga bola u glavi. Smatra se da tijelo pokušava da se rashladi šaljući više krvi u druge dijelove tijela i tako lišava mozak dovoljnih količina kiseonika. Zato nemojte da pregrijavate prostorije u kojima boravite.